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Duhalde fue designado en la Secretaría de Derechos Humanos por el expresidente Néstor Kirchner al asumir en 2003, y ratificado por la presidenta Cristina Kirchner en 2007 y en su segundo mandato, en 2011.

Su trayectoria como defensor de presos políticos junto a su socio Rodolfo Ortega Peña -asesinado por la Triple A en 1974- lo vinculó por décadas al movimiento de derechos humanos.

Con Ortega Peña y los abogados Rodolfo Mattarollo, Carlos González Gartland, Miguel Radrizzani Goñi y Pedro Galín, asumió la defensa de los 19 presos políticos que en 1972 se fugaron de la cárcel de Trelew y que días después, fueron fusilados por la dictadura militar encabezada por Alejandro Agustín Lanusse, en lo que se conoció como la Masacre de Trelew.

En 1976, al comienzo de la dictadura cívico militar, un acta institucional de la Junta Militar le privó de sus derechos civiles y políticos y dispuso la incautación de sus bienes y su captura.

Exiliado a fines de 1976 en España, fue uno de los organizadores de las denuncias internacionales contra el terrorismo de Estado en la Argentina con su participación en la Comisión Argentina de Derechos Humanos (CADU), que recibía en el exterior denuncias sobre los secuestros y desapariciones que ocurrían en el país.

Nacido en Buenos Aires en 1939, estudió y se recibió de abogado en la Universidad de Buenos Aires, se desempeñó como historiador, docente y periodista.

Hasta marzo de 2003, se desempeñó como Juez de Cámara de los Tribunales Orales en lo Criminal de la Capital Federal, y dejó el cargo al ser convocado para asumir en la Secretaría de Derechos Humanos.

Fue consultor de Derechos Humanos de las Naciones Unidas y Profesor Consulto de la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad de Buenos Aires.

En diversas universidades argentinas y extranjeras se desempeñó como profesor titular de materias de derecho, historia y política.

También fue miembro de instituciones académicas argentinas y de América Latina y Europa, como de organismos de derechos humanos del país e internacionales.

Fue autor de 24 libros entre ellos, El Estado terrorista argentino, Contra Mitre los intelectuales y el Poder: de Caseros al 80, y escribió más de 200 trabajos relacionados con la historia de la Argentina.

En el plano internacional, integró diversas misiones de paz al África, y en América Latina a El Salvador, Chiapas (México), Nicaragua, Perú y Colombia, en sus zonas de conflicto.

Recibió varias distinciones, entre ellas el Premio Internacional al Periodismo otorgado por la Asociación Pro-Derechos Humanos de España en 1990, por su lucha en defensa de los derechos fundamentales del ser humano.

El 15 de febrero último fue sometido a una intervención quirúrgica en el Sanatorio de la Providencia por un "aneurisma de la aorta abdominal".

Días antes, el 10 de febrero, en su última actividad oficial, hizo pública su solidaridad con el ex juez Baltasar Garzón, a través de una carta en la que cuestionaba duramente a la justicia de España por haberlo destituido, impidiendo que avancen las investigaciones sobre los crímenes del franquismo.